第三十六條各級人民政府環(huán)境保護主管部門、農(nóng)牧主管部門以及其他有關(guān)部門未依照本條例規(guī)定履行職責的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分；直接負責的主管人員和其他直接責任人員構(gòu)成犯罪的，依法追究刑事責任。

　　第三十七條違反本條例規(guī)定，在禁止養(yǎng)殖區(qū)域內(nèi)建設(shè)畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門責令停止違法行為；拒不停止違法行為的，處3萬元以上10萬元以下的罰款，并報縣級以上人民政府責令拆除或者關(guān)閉。在飲用水水源保護區(qū)建設(shè)畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門責令停止違法行為，處10萬元以上50萬元以下的罰款，并報經(jīng)有批準權(quán)的人民政府批準，責令拆除或者關(guān)閉。

　　第三十八條違反本條例規(guī)定，畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)依法應(yīng)當進行環(huán)境影響評價而未進行的，由有權(quán)審批該項目環(huán)境影響評價文件的環(huán)境保護主管部門責令停止建設(shè)，限期補辦手續(xù)；逾期不補辦手續(xù)的，處5萬元以上20萬元以下的罰款。

　　第三十九條違反本條例規(guī)定，未建設(shè)污染防治配套設(shè)施或者自行建設(shè)的配套設(shè)施不合格，也未委托他人對畜禽養(yǎng)殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理，畜禽養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)即投入生產(chǎn)、使用，或者建設(shè)的污染防治配套設(shè)施未正常運行的，由縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門責令停止生產(chǎn)或者使用，可以處10萬元以下的罰款。

　　第四十條違反本條例規(guī)定，有下列行為之一的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門責令停止違法行為，限期采取治理措施消除污染，依照《中華人民共和國水污染防治法》、《中華人民共和國固體廢物污染環(huán)境防治法》的有關(guān)規(guī)定予以處罰：

　?。ㄒ唬⑿笄蒺B(yǎng)殖廢棄物用作肥料，超出土地消納能力，造成環(huán)境污染的；

　　（二）從事畜禽養(yǎng)殖活動或者畜禽養(yǎng)殖廢棄物處理活動，未采取有效措施，導致畜禽養(yǎng)殖廢棄物滲出、泄漏的。

　　第四十一條排放畜禽養(yǎng)殖廢棄物不符合國家或者地方規(guī)定的污染物排放標準或者總量控制指標，或者未經(jīng)無害化處理直接向環(huán)境排放畜禽養(yǎng)殖廢棄物的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門責令限期治理，可以處5萬元以下的罰款。縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門作出限期治理決定后，應(yīng)當會同同級人民政府農(nóng)牧等有關(guān)部門對整改措施的落實情況及時進行核查，并向社會公布核查結(jié)果。

　　第四十二條未按照規(guī)定對染疫畜禽和病害畜禽養(yǎng)殖廢棄物進行無害化處理的，由動物衛(wèi)生監(jiān)督機構(gòu)責令無害化處理，所需處理費用由違法行為人承擔，可以處3000元以下的罰款